Les moteurs de recherche ne tiennent pas compte de la notion de sites. Ils indexent les pages de chaque site. Ils analysent toutes les pages d'un site, les indexent et les référencent dans leur base de données. Ce travail est fait par un robot (nommé " spider " ou "araignée"), c'est-à-dire par un logiciel, et ce, sans intervention humaine. Pour interroger un moteur de recherche, on doit indiquer des mots clés. Il n'y a pas de possibilité de parcourir des catégories à la recherche de sites.

Comme toutes les pages d'un site sont indexées, et non uniquement la page d'accueil, le volume d'informations est énorme. Par conséquent, il faudra veiller à ce que le site propose des mots clés très précis.
Dans la plupart des cas il suffit de cliquer sur le lien appelé "proposer votre site" ou "suggérer un site" (en anglais "submit" ou "add"). Après votre demande, le robot (spider) du moteur ira visiter votre site ou plutôt décortiquer le code de vos pages.
Note : entre 30 et 60 jours sont nécessaires afin d'être pris en compte dans la base de données du moteur.

Les annuaires peuvent être aussi appelés répertoires ou portails. Leurs principes sont fort différents de celui des moteurs de recherche. Ils ne référencent pas des pages, mais seulement des sites. Les sites sont classés par catégories et par sous-catégories.

Ce second mode de consultation est moins efficace pour la recherche d'une information précise; il permet d'avoir des listes de sites classés par thèmes. Le nombre de sites présents dans les annuaires est nettement inférieur par rapport aux moteurs de recherche. Les annuaires ne vont pas parcourir vos pages pour voir si vous référencez des sites qu'ils ne connaissent pas encore.

Le classement en catégories nécessite une appréciation humaine (appelée netsurfeur ou netsurfeuse). Le site sera visité avant inscription dans l'annuaire.

Les annuaires se réservent le droit d'accepter ou de refuser les sites qui leur sont soumis. Si le site ne correspond pas aux critères des éditeurs d'un annuaire, il sera simplement refusé.

Le référencement d'un site par l'intervention humaine est généralement plus long pour les annuaires que pour les moteurs de recherche (exemple : Yahoo, La toile du Québec).

Allez sur la page d'accueil de Yahoo! ou Voila, et cherchez un lien du type "Ajouter un site". Vous remplirez un formulaire d'inscription demandant un certain nombre de renseignements sur votre site ainsi que vos coordonnées.
Note : il pourra se passer 2 à 3 mois avant que votre site ne soit référencé.